Qualche tempo dopo la sua guarigione, Atkinson cominciò a scrivere articoli sulle verità che sentiva di aver scoperto, che allora erano le cosiddette Scienze Mentali. Nel 1889, sul nuovo periodico di Charles Fillmore, Modern Thought, apparve un suo articolo intitolato «A Mental Science Catechism».
All’inizio degli anni 1890, Chicago era diventata un importante centro di New Thought, soprattutto grazie all’opera di Emma Curtis Hopkins, e Atkinson decise di trasferirsi lì. Una volta in città, divenne un attivo promotore del movimento come redattore e autore. Fu autore delle riviste Suggestion (1900-1901), New Thought (1901-1905) e Advanced Thought (1906-1916).
Nel 1900 Atkinson lavorò come editore associato di Suggestion, una rivista del New Thought, e scrisse il suo probabilmente primo libro, Thought-Force in Business and Everyday Life (Forza di pensiero negli affari e nella vita quotidiana), una raccolta di lezioni di magnetismo individuale, influenza psichica, forza di pensiero, concentrazione, forza di volontà e scienza mentale pratica.
Ha poi incontrato Sydney Flower, un noto editore e uomo d’affari del New Thought, e ha collaborato con lui. Nel dicembre 1901, prese la direzione della popolare rivista New Thought di Flower, carica che mantenne fino al 1905. In questi anni si costruì da solo un posto indelebile nel cuore dei suoi lettori. Dalla sua penna scaturiva un articolo dopo l’altro. Nel frattempo, fondò anche il suo Psychic Club e la cosiddetta «Atkinson School of Mental Science» (Scuola di Scienze Mentali Atkinson). Entrambe le sedi, si trovavano nello stesso edificio della Flower’s Psychic Research and New Thought Publishing Company.
Atkinson fu un ex presidente della International New Thought Alliance.