Tras su recuperación, Atkinson comenzó a escribir una serie de artículos sobre las revelaciones que pensaba haber descubierto, que en la época entraban dentro de la Ciencia Mental. En 1889 publicó un artículo titulado Catecismo de la Ciencia Mental, apareció en la nueva revista de Charles Fillmore, Modern Thought.
En la década de 1890, Chicago se había convertido en el principal centro de actividades del Nuevo Pensamiento, principalmente gracias a las obras de Emma Curtis Hopkins, por lo que Atkinson decidió mudarse allí. Una vez en la ciudad, se convirtió en un importante impulsor del movimiento, como editor y como autor. Fue responsable de la publicación de las revistas Sugestions (1900-1901), New Thought (1901-1905) y Advance Thought (1906 – 1916).
En 1900, Atkinson trabajó como editor asociado en Sugestions, New Thought Journal, y escribió el que, probablemente, fuese su primer libro, El Éxito en los Negocios y en la Vida por la Influencia Personal, una serie de lecciones sobre el magnetismo personal, la influencia psíquica, fuerza del pensamiento, concentración, fuerza de voluntad y la ciencia mental práctica.
Fue entonces cuando conoció a Sydney Flower, un reputado hombre de negocios que realizaba publicaciones sobre el Nuevo Pensamiento, y ambos decidieron trabajar juntos. A partir de diciembre de 1901, se ocupó de las labores de edición de Flower’s, una popular publicación del Nuevo Pensamiento, una función que desempeñaría hasta 1905. En el transcurso de estos años, se hizo un hueco en el corazón de sus lectores. Bolígrafo en mano, escribía articulo tras artículo. Durante esta época fundó su propia sociedad psíquica y la llamada Escuela Atkinson de Ciencia Mental, ambas con sede en el mismo edificio en el que se desarrollaba la actividad de Flower’s Psychic Research y New Thought Publishing Company.
Atkinson fue presidente de la International New Thought Alliance.