Pour Müller, la culture indienne védique représente une adoration de la nature et les dieux sont des forces actives de la nature qui ont été personnifiées, des phénomènes physiques convertis en personnages.
Müller résuma sa théorie en disant que la mythologie est une « maladie du langage », entendant par là que le mythe transforme des concepts en êtres et en récits. De son point de vue, les « dieux » n’ont d’abord été que des idées abstraites désignées par des noms communs, abstractions qui se sont par la suite transformées en personnalités imaginaires devenues noms propres.
Ainsi, le dieu-père des Indo-européens apparaît sous divers noms, Zeus, Jupiter, Dyaus Pitar. Tous ces noms viennent du mot Dyaus qu’il analyse comme « brillance » et qui donne les mots ‘deva’, ‘deus’, ‘theos’ comme noms communs pour un dieu, et les noms de ‘Zeus’ et ‘Jupiter’. Ainsi une métaphore devient ossifiée, comme dans certaines idées de Nietzsche. En revanche, ses théories sur les cultures originelles « aryennes » ne s’accompagnaient pas de thèses racistes.
Dans son Introduction à la philosophie védanta, Max Müller considérait le Vedanta comme « la philosophie la plus sublime et la religion la plus satisfaisante ».
En hommage à Max Müller, des brahmanes ont sanskritisé son nom en « Moksha Mula » (racine de délivrance).
Ses articles et sa correspondance sont à la Bodleian Library à Oxford.