Selon Kardec :
« L’homme n’est pas seulement composé de matière, il y a en lui un principe pensant relié au corps physique qu’il quitte, comme on quitte un vêtement usagé, lorsque son incarnation présente est achevée. Une fois désincarnés, les morts peuvent communiquer avec les vivants, soit directement, soit par l’intermédiaire de médiums de manière visible ou invisible (Le Livre des Esprits) »
Il meurt d’un anévrisme en 1869 en laissant nombre de textes en cours d’écriture. Un sixième livre dont le titre provisoire était : Les prévisions concernant le spiritisme, fut également retrouvé. Tous ces travaux inachevés furent regroupés par l’éditeur Pierre-Gaëtan Leymarie quelques années plus tard et édités sous le titre : Les œuvres posthumes d’Allan Kardec10.
Il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise, à Paris. Sur le frontispice au-dessus de sa tombe en forme de dolmen (certains de ses disciples la prennent comme modèle pour leur propre tombe) et de son buste en bronze poli sculpté par Paul-Gabriel Capellaro, est gravé le postulat de la doctrine : « Naître, mourir, renaître encore et progresser sans cesse, telle est la Loi ». Sur la stèle soutenant le buste, on lit : « Tout effet a une cause, tout effet intelligent a une cause intelligente, la puissance de la cause est en raison de la grandeur de l’effet. » C’est Camille Flammarion qui prononce son éloge funèbre et affirme, comme Kardec, que « le spiritisme n’est pas une religion, mais c’est une science… ». Sa tombe au cimetière du Père-Lachaise reste un lieu de recueillement, elle est l’une des plus fleuries et des plus visitées du cimetière. Des médiums et des adeptes de divers courants spirituels viennent régulièrement chercher l’inspiration sur le buste d’Allan Kardec réputé pouvoir exaucer tous types de vœux.